Пасанаури расположен в регионе Мцхета-Мтианети, в месте слияния рек Белой и Черной Арагви. Первое упоминание о Пасанаури датируется восемнадцатым веком: тогда селение называлось Кистури. В первой половине девятнадцатого века здесь располагалась станция Военно-Грузинской дороги.
Статус города Пасанаури получил в 1966 году.