ფასანაური მდებარეობს მცხეთა-მთიანეთის მხარეში, მდინარეების თეთრი და შავი არაგვის შესართავთან. ფასანაურის პირველი ხსენება მეთვრამეტე საუკუნით თარიღდება: მაშინ სოფელს ქისტური ერქვა. მეცხრამეტე საუკუნის პირველ ნახევარში აქ იყო სადგური საქართველოს სამხედრო გზაზე.
ფასანაურმა ქალაქის სტატუსი 1966 წელს მიიღო.