Тифлисская духовная семинария была основана в 1817 году, однако ее постоянное здание появилось лишь два десятилетия спустя, в 1838 году.
Это здание располагалось на тогдашней Пушкинской улице, в районе современной площади Свободы.
Проект разработали братья Джованни Бернардацци (1782–1842) и Джузеппе Бернароцци (1788–1840)
Семинарию иногда называли «домом Зубалова», в честь её владельца.
В 1872 году, по инициативе великого князя Михаила Николаевича (1832–1909), обучение на грузинском языке было запрещено во всех семинариях, русский стал единственным языком преподавания.
Жизнь семинаристов проходила под строгим надзором: им было запрещено самовольно покидать семинарию, участвовать в публичных чествованиях, посещать театры, собирать сходки и читать «неблагонадежную» литературу.
За учащимися велась постоянная слежка, регулярно проводились обыски жилых помещений и личных вещей в поисках запрещённых книг.
Нарушения внутреннего распорядка карались строго: за мелкие проступки давали выговор, более серьёзные могли привести к заключению в карцер на несколько дней или к исключению из семинарии, с возможностью или без возможности повторного поступления.
Среди выпускников Тифлисской духовной семинарии были будущие государственные деятели СССР: Иосиф Джугашвили (поступил 2 сентября 1894 года, исключён в 1899 году на последнем курсе) и Анастас Микоян (поступил в 1906 году).
Семинария предоставляла не только религиозное образование, но и широкий гуманитарный круг знаний: здесь преподавали риторику, историю, словесность, математику и иностранные языки — французский и немецкий.
В 1912 году семинария переехала в новое здание на Цхнетской улице (ныне проспект Чавчавадзе), а старое здание было переоборудовано под гостиницу «Царские номера».
После революции 1917 года семинария была закрыта, а здание реквизировано.
С 1950 года в старом здании семинарии на Пушкинской улице разместился Музей искусств Грузии.