Пасанаури находится в историческом регионе Мтиулети, который считается родиной хинкали.
На карте георафа и историка Вахушти Багратиони (1697-1757) это селение обозначено как Кистури.
В начале XIX века тут был пункт сбора пошлин.
Тогда же на окраине Пасанаури был построен сохранившийся и поныне двухэтажный заставный дом.
В 1829 году, через Пасанаури прошел Александр Сергеевич Пушкин. Группа, с которой он следовал задержалась при проверке документов, поэтому поэт оставил здесь своих попутчиков и пошёл пешком на юг, в Ананури.
В конце XIX века в Пасанаури побывал и Алексей Максимович Горкий — в память о его посещении, на въезде в селение со стороны Тбилиси стоит бронзовая статуя писателя.
Недалеко от Пасанаури происходит слияние рек Черная и Белая Арагви.