Баграт III, родившийся в 960-х годах в Иберии, был сыном Гургена I Иберийского и Гурандухт, дочери царя Абхазии Георги II, что позволило ему считаться наследником династии Багратиони.
Еще в юном возрасте он и был назначен наследником, своим двоюродным братом и опекуном — Давидом III (930–1000 годы), правителем Тао-Кларжети.
В 976 году Квирике II Кахетинский вторгся в Иберию, однако картлийский эристави Иоанн Марусидзе поднял восстание и обратился за помощью к Давиду.
Тот изгнал кахов и посадил Баграта на престол под своей регентской опекой.
Первые годы его правления были омрачены мятежами непокорной знати.
В то же время Абхазия очень ослабла при правлении Феодосия III.
Марусидзе объединил знать обеих стран и добился признания Баграта царём Абхазии в 978 (или 980) году.
Вскоре после этого Баграт столкнулся с сопротивлением в Картли, где знать сплотилась вокруг его матери и регентши области Гурандухт.
Баграт разбил их при Могри, вернул себе Уплисцихе и расширил свои владения, после чего вернулся в Абхазию, где утвердился как сильный и справедливый правитель.
В 1000 году умер Давил III, приемный отец Баграта.
Этим воспользовался византийский император Василий II, вторгшийся в Тао-Кларджети.
Стремясь поссорить отца и сына, он даровал Гургену титул магистра, а Баграту — титул куропалата.
Попытка оказалась безуспешной — Баграт, уже бывший царём Абхазии, принял титул куропалата Иберии, фактически объединив Грузию.
В память об этом он начал строительство великого собора в Кутаиси, завершённого в 1103 году и стоящего поныне.