Поселение Душети впервые упоминается в грузинских источниках в 1215 году.
В XVII веке оно служило резиденцией князей Арагви, владеющими обширными землями на Восточном Кавказе.
Неповиновение князей своим сюзеренам (в особенности — на протяжении XVII века, когда они требовали большей автономии от Картли), приводило к многочисленным вторжениям и разрушениям города.
В 1743 году, после свержения князей Арагви народным восстанием, Душети был сдан Теймуразу II Кахетинскому.
В 1801 году Душети был удостоен статуса города.
Здесь в 1868 — 1873 годах работал и жил выдающийся грузинский государственный деятель Илья Чавчавадзе.
В 1905 году город и его окрестности стали местом массовых беспорядков во время Русской революции.
Впоследствии, в 1918 году, Душети пережил крестьянское восстание, а в августе 1924 года здесь произошли вооруженные столкновения во время восстания против советской власти.