დუშეთის დასახლება ქართულ წყაროებში პირველად 1215 წელს მოიხსენიება.
XVII საუკუნეში ის არაგვის მთავრების რეზიდენციას ემსახურებოდა, რომლებიც აღმოსავლეთ კავკასიაში ვრცელ მიწებს ფლობდნენ.
თავადების დაუმორჩილებლობამ თავიანთი ბატონებისადმი (განსაკუთრებით მე-17 საუკუნეში, როცა ისინი ქართლისგან მეტ ავტონომიას მოითხოვდნენ) მრავალი შემოსევა და ქალაქის დანგრევა გამოიწვია.
1743 წელს, სახალხო აჯანყებით არაგვის მთავრების ჩამოგდების შემდეგ, დუშეთი კახეთის თეიმურაზ II-ს ჩაბარდა.
1801 წელს დუშეთს ქალაქის სტატუსი მიენიჭა.
1868 – 1873 წლებში აქ მოღვაწეობდა და ცხოვრობდა გამოჩენილი ქართველი სახელმწიფო მოღვაწე ილია ჭავჭავაძე.
1905 წელს ქალაქი და მისი შემოგარენი რუსეთის რევოლუციის დროს არეულობის ადგილი გახდა.
შემდგომში 1918 წელს დუშეთში გლეხთა აჯანყება განიცადა, ხოლო 1924 წლის აგვისტოში საბჭოთა ხელისუფლების წინააღმდეგ აჯანყების დროს აქ მოხდა შეიარაღებული შეტაკებები.