В начале XIX века лекарь Сухумского военного гарнизона Владислав Багриновский разбил возле своего дома сад, в котором он выращивал лекарственные растения для оказания помощи больным солдатам, страдающим лихорадкой.
На сад-огород обратил внимание начальник Черноморской линии укреплений, генерал-лейтенант Николай Николаевич Раевский (1801-1843).
При его содействии, сад в 1840 году перешел на попечение казны, а Багриновский стал его первым заведующим.
Изначально площадь ботанического сада составляла 0,5 десятин (около 0.55 гектар), но уже к 1841 г. под сад было отведено еще 3 десятины, а в 1847 г. был расчищен новый участок у подножья горы Трапеция.
В это время в саду произрастало 64 видов растений.
Сад был примечателен тем, что именно здесь в 1848 году был посажен первый в Абхазии чайный куст.
Здесь и поныне растет 250-летняя липа, росшая до его основания.
В 1877 году это дерево было срублено турками, однако липа выжила, и достигла своей 20-метровой высоты.
В Сухумском ботаническом саду растет самая старая секвойя бывшего СССР, она была высажена в 1848 году.
Сегодня в ботаническом саду произрастает около 5,000 видов различных растений.