Археологические данные показывают, что Кутаиси был столицей Колхидского царства ещё с VI–V вв. до н. э.
Древние авторы связывали этот город с мифом об аргонавтах.
Позднее он стал центром региона Лазики, был разрушен арабами в VIII веке и восстановлен во времена Абхазского царства.
В 808 году царь Леон сделал его своей резиденцией, а в XI веке Кутаиси вошёл в состав единого грузинского государства.
В XVII–XVIII веках город не раз переходил из рук в руки: имеретинские князья уступили крепость туркам, Соломон I, при поддержке России, освободил её в 1770 году.
Здесь проходили переговоры о Георгиевском трактате.
В начале XIX века, после Элазнаурской конвенции и свержения царя Соломона II, Кутаиси стал столицей Имеретинского региона.