Ущелье назвали «Гоначхир» из-за необычной формы.
В переводе с карачайского это слово означает «узкое место».
Оно действительно начинается с узкой скальной расщелины, через которую пробивается река и проходит дорога.
Люди поселились в пещерах Гончахирского ущелья более 600 тысяч лет назад, о чем свидетельствуют многочисленные археологические находки: могильники, следы стоянок, оружие, предметы быта.
Дорога через Гоначхирское ущелье также известна с древних времен: здесь когда-то проходила часть Шёлкового пути, называемая «турецкой тропой» — по ней караваны торговцев пересекали Главный Кавказский хребет.
С середины XIX века и до 1903 года через ущелье строили Военно-Сухумскую дорогу.
В конце XIX века здесь также был предложен проект железной дороги, но его реализации помешала Первая Мировая война.