Название Гуниб происходит от аварского слова Гуни-мир, что означает «куча камней».
Расположенная на изолированном плато на высоте 1,234 метра над уровнем моря и окруженная вертикальными скалами, деревня послужила последним оплотом Имама Шамиля во время Кавказской войны (в 1817-1864 годах).
Восстановление города началось в 1862 году.