Железная дорога в Боржоми появилась в 1894 году, по окончанию строительства участка Хашури – Боржоми.
До этого момента транспортное сообщение осуществлялось исключительно гужевым транспортом — путешествие из Тбилиси в Боржоми на конном фаэтоне занимало 8-9 часов.
Первый боржомский вокзал находился на месте нынешней станции «Боржоми Грузовая», в двух километрах от современного вокзала. Ныне это конечная станция узкоколейной железной дороги Боржоми-Бакуриани.
Поскольку в 1902 году железную дорогу протянули до центра Боржоми, вокзал ‘переехал’ на правый берег Куры (ныне улица Эрeкле).
Второй городской вокзал Боржоми работал до середины XX века.
Современный же вокзал находится на територии бывшего Реммертовского парка, и эксплуатируется c 1951 года.